FSC International är en ideell medlemsorganisation där medlemmarna är placerade i tre olika kammare.

Varje kammare har 33,3 % av röstandelarna vid omröstningar. Inom varje kammare viktas rösterna så att representanter från det globala Nord och Syd får 50 % av röstandelarna var.

Generalförsamlingen (General Assembly, GA), är FSC Internationals beslutande medlemsmöte. Det genomförs vart tredje år och där fattas de viktiga principbesluten. 

Styrelsen möts flera gånger om året och har det löpande ansvaret. Medlemmar i FSC:s internationella kammare nominerar och röstar fram fyra ledamöter var, styrelsen består av tolv personer. Mandattiden för ledamöterna är 4 år.

Generalsekreteraren leder arbetet vid Internationella FSC:s kansli (FSC IC). Styrelsen utser generalsekreterare vars poster för närvarande hålls av Dr. Subhra Bhattacharjee och Ms. Marion Barriskell. Kansliet finns i Bonn, Tyskland.